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3 é um jogo inovador sobre Tasaki Shinya, um jovem que vem de uma distante terra ao norte. Depois de se envolver em uma série de acontecimentos, ele perde o olho esquerdo em um acidente que o conduz a um destino inimaginável.

Um dia, Shinya conhece Rin, uma jovem que afirma ter vindo do futuro para encontrá-lo. Ele descarta a história como mentira e passa os dias com Rin, Hana, sua colega de faculdade mais nova, e os chefes do seu emprego de meio período. Embora sua vida não melhore, ele aproveita os dias e começa a torcer para que continuem assim. Então, sua vida tranquila é destruída de repente: a cena diante dele está coberta de sangue, gatos miam e uma garota misteriosa aparece, comendo um picolé enquanto observa os lagos carmesins no chão. Ela convida Shinya a segui-la se ele quiser saber o que aconteceu.

Personagens

• Rin: Uma jovem que dormia sob uma fábrica abandonada. Ela diz que veio do futuro, embora provavelmente seja mentira. Para pagar uma dívida, consegue um emprego na Little Asteria, onde Shinya também trabalha meio período.
• Hana: Colega de faculdade mais nova de Shinya e sua colega de trabalho. Eles são inseparáveis, e Hana gosta muito dele.
• A garota misteriosa: Ela aparece diante de Shinya e usa jalecos brancos. Seus lanches favoritos são picolés.

O jogo também inclui minijogos fora da história principal.